У перші місяці війни, під час переможного наступу німецьких військ, рух Опору перебував ще в неоформленому стані. Радянським командуванням здійснювалися спроби створити мережу диверсійних груп і партизанських загонів у тилу ворога. Але такі групи діяли вкрай непрофесійно і тому швидко виявлялися і знешкоджувалися ворогом.
Українські національні сили на початку війни були згруповані в три незалежні організації: «Поліська Січ» під керівництвом Тараса Бульби-Боровця і дві гілки Організації українських націоналістів, одна під проводом Степана Бандери, друга – Андрія Мельника.
Прихід німців українські націоналісти спробували використати для відновлення української державності. До найрішучіших дій узялася ОУН Бандери. Було створено три похідні групи, які повинні бути рухатися від західного кордону, відповідно, на Київ, Харків та Одесу. Їх завданням було впровадження на звільненій від більшовиків території України української цивільної адміністрації та органів місцевого самоврядування. 30 червня 1941 р. група ОУН (Б), очолювана Ярославом Стецьком, увійшла в залишений радянськими військами Львів і проголосила Акт відновлення Української держави. Але того ж дня до міста вступили німці. Опанувавши становищем, окупанти заявили, що в їхніх планах немає місця український державності. Лідерів ОУН заарештували й відправили в концтабори.
ОУН Мельника діяла більш помірковано й обережно. Її представникам удалося створити в окупованому Києві Українську національну раду, впливати на роботу міської адміністрації і громадське життя міста. Наприкінці 1941 р. рейхскомісар України заборонив діяльність Ради, але вона понад рік існувала підпільно. Головних проводирів українського руху в Києві заарештували, а невдовзі – розстріляли.
Ще в липні 1941 р. у Львові зусиллям ОУН також було створено Українську національну раду. Ця організація задумувалась як допоміжний провід «українського народу Галичини, Волині ті Холмщини» і його посередник перед німецької владою. Рада намагалася охопити своєю діяльність всі суспільні напрями на Західній Україні, представників різних версті населення і областей краю. Протектором і почесним президентом Української національної ради обрали греко-католицького митрополита Андрея Шептицького. Але й така форма української самоврядування не влаштовувала окупантів, і в березні 1942 р. Раду заборонили.
Навесні 1942 р. залишилась єдина українська легальна суспільно-політична установа – Український центральний комітет зі штаб-квартирою в Кракові. На чолі Комітету стояв Володимир Кубійович. Повноваження Комітету обмежувалися суто гуманітарними питаннями, а діяльність суворо контролювалась окупаційною владою.
Командувач «Поліської Січі», Бульба-Боровець, орієнтувався на уряд Української Народної республіки в еміграції. Діяльність організації розгорталася на Волинському Поліссі і була спрямована проти розрізнених радянських військових частин, які переховувалися в лісах. Метою своєї боротьби Бульба-Боровець бачив відродження УНР. Та коли в листопаді 1941 р. окупаційна влада запропонувала січовикам добровільно скласти зброю, ті тимчасово згорнули діяльність.
Поряд з українським і радянськими партизанами в Україні, головним чином на Поліссі, діяли польські групи Опору (Союз збройної боротьби, а потім – Армія Крайова). Їхня діяльність скеровувалась емігрантським польським урядом з Лондона. До складу груп входили кадрові польські військовики. Вістря боротьби поляків було спрямоване проти німецьких окупантів, а їхньою метою була відроджена Польща в довоєнних кордонах. До пори взаємини між польськими та українськими силами Опору характеризувались як напружений нейтралітет.
У 1942 р. рух Опору по всій Україні зміцнів організаційно й охопив багато людей. На зміну розгромленим у перший рік війни підпільним організаціям виникали нові, більш життєздатні, краще підготовлені й озброєні. Причиною цьому стало глибоке розчарування в німецькій владі, на яку попервах багато хто в Україні дивився як на визволительку. Другою причиною стала невдача німецької армії під Москвою і початок наступу радянських військ.
З усвідомленням важливості розгортання партизанського руху в тилу ворога, радянське керівництво взялося за організацію і впорядкування партизанських загонів. 30 травня 1942 р. Державний Комітет Оборони СРСР створив при ставці Верховного Головнокомандування Центральний штаб партизанського руху. Йому підпорядковувався Український штаб партизанського руху (УШПР), очолюваний Тимофієм Строкачем. Відтоді єдине командування координувало дії партизанських загонів і узгоджувало їх із діями частин регулярної армії.
Найбільш сприятливі умови для партизанської війни склалися на Поліссі та в Карпатах. Горі і ліси надійно захищали партизанів і дозволяли малими силами завдавати значної шкоди противнику. Головним осереддям радянських партизанів у 1942 р. був лісовий масив на межі України і Брянщини. Звідти партизанські з’єднання Сидора Ковпака й Олександра Сабурова восени 1942 р. вирушили на Правобережжя, завдаючи інтенсивних ударів по тилах ворога. Навесні 1943 р. тим же маршрутом вирушили загони Олексія Федорова. Одночасно глибокий рейд центральними областями України здійснила група Михайла Наумова. Результатом цих рейдів було те, що окупаційна влада втратила контроль над великими територіями на Поліссі, які перетворилося на суцільний партизанський край. Одним із головних завдань партизанів стало порушення комунікацій ворога. Починаючи з серпня 1943 р. партизани вели так звану «рейкову війну», перешкоджаючи підвозу техніки і боєприпасів на передову. Це, певною мірою, допомогло Червоній армії здобути перемогу під Курськом і Києвом.
Природні умови Південної України, з переважанням відкритих просторів, не сприяли успішним діям партизанів. Через це у цих районах рух Опору зосереджувався по населених пунктах. Мережа конспіративних груп охопила чи не всі значні міста України. З поміж них були й такі, що діяли самотужки й ті, якими керували з центрів.
На початку 1942 р. активізувала свою діяльність і Організація українських націоналістів. З’явилася надія, що Німеччина і Радянський Союз знекровлять один одного, і для України з’явиться шанс на незалежне існування. Впродовж 1942 р. ОУН створила власну партизанську армію, причому вона об’єднала сили бандерівців, мельниківців і вояків колишньої «Польської Січі». Це збройне формування дістало назву Українська Повстанська Армія (УПА). Датою її утворення вважають 14 жовтня 1942 р. Першим командиром УПА став Дмитро Клячківський (Клим Савур), а з осені 1943 р. УПА очолив Роман Шухевич (Тарас Чупринка).
Чим швидше просувалася на захід лінія німецько-радянського фронту, тим запеклішою ставала партизанська війна. Щоправда, ворожнеча між українськими, радянськими і польськими партизанами (адже всі вони воювали за різні ідеали), не йшла на користь рухові Опору в цілому.