Від XIII ст. Священна Римська імперія вступила у смугу кризи, а згодом і занепаду. У 1254 р. помер останній король із династії Штауфенів. Імперія полишила свої зазіхання на Італію і припинила марну боротьбу із Римськими папами. В імперії розпочався період міжцарів’я (1254 – 1273 рр.). Німеччина розпалася на багато світських і церковних володінь, міст і окремих рицарських володінь. Із цього найбільше скористалися князі, які округлювали свої володіння і зміцнювали владу. Після формального відновлення влада імператора була настільки ослабленою, що він реально управляв лише своїми родовими володіннями. Імперські князі пильно стежили за посиленням імператорської влади і прагнули обрати імператором слабшого. У період міжцарів’я встановився порядок, коли імператора обирали сім наймогутніших князів імперії, які називалися курфюрстами. На імператорську корону претендували представники із родин Габсбурґів і Люксембурґів.
У середині XIV ст. політичний центр імперії перемістився у Чехію. Імператор Карл IV (1346 – 1378 рр.) із династії Люксембурґів був одночасно і королем Чехії. У своїй політиці він основну увагу приділяв власним родовим володінням. Він перебудував Прагу, заснував 1346 р. Празький університет, проте у своїй політиці спирався на німецьких переселенців, що згодом призвело до гострого національного конфлікту в Чехії та гуситського руху. Карл IV, розуміючи, що утримувати імперію під своєю владою він не зможе, вирішив закріпити існуючий стан речей, за якого імперія лише об’єднувала окремі самостійні князівства, міста та інші володіння. Так, у 1356 р. він оголосив Золоту буллу, що закріплювала роздробленість Німеччини.
Булла підтверджувала порядок вибору німецького короля курфюрстами більшістю голосів. Король після коронації папою Римським ставав одночасно імператором. Булла закріплювала привілеї князів на вищий суд, розроблення копалень, карбування монет, видобуток золота. Дозволялося вести “законно оголошені” війни. Проте війни васалів проти сюзерена було заборонено. Золота булла стала основною для законів імперії аж до її ліквідації 1806 р. Від кінця XV ст. імперія стала називатися Священною Римською імперією германської нації.